Уроженец украинского Днепродзержинска выиграл вместе с «Зенитом» Кубок России в 1999 году и бронзовые медали чемпионата России в 2001 году, в 2000 и 2001 годах становился лучшим бомбардиром питерского клуба. Геннадий Попович в 126 матчах за "Зенит" 41 мяч и стал настоящим любимцем питерских болельщиков.

В 2001-м угодил врачи запертили ему выходить на поле из-за проблем с сердцем, после чего Попович работал администратором «Зенита» и тренером дублирующего состава.